1、高殘留：孔雀石綠及其代謝產物無色孔雀石綠能迅速在組織中蓄積，并已在受精卵和魚苗的血清、肝、腎、肌肉和其他組織中檢測到。無色孔雀石綠由于其不溶于水，殘留毒性比孔雀石綠更強。
2、高致癌：孔雀石綠的化學官能團是三苯甲烷（triphenylmethane），其分子中與苯基相連的亞甲基和次甲基受苯環(huán)影響有較高的反應活性，可生成自由基——三苯甲基，同時孔雀石綠也能抑制人類谷光甘肽S轉移酶的活性，此兩者均能造成人類器官組織氧壓的改變，使細胞凋亡出現(xiàn)異常，誘發(fā)腫瘤和脂質過氧化。
3、高致畸：孔雀石綠能致使淡水魚卵染色體異常，當孔雀石綠濃度低于0、1mg/mL時，它仍能使兔和魚繁殖致畸；當孔雀石綠濃度高于0、2 mg/L時，對軟體動物東風螺的受精卵或是幼體都有不同程度的發(fā)育畸形。
4、致突變：研究發(fā)現(xiàn)孔雀石綠可使鳙魚和尼羅羅非魚的紅細胞產生微核，0、5mg/L濃度時微核率分別達到0、133%，0、0717%，且微核率隨藥物濃度的升高而增加。
